Realizar investigaciones científicas y mantener colecciones de referencia de fauna, geología y paleobiología, para contribuir al conocimiento y gestión sostenible de la biodiversidad y a la educación para la apropiación ciudadana de la ciencia.
El Museo es reconocido por sus colecciones de valor patrimonial, por sus exhibiciones de calidad, y por sus aportes a la ciencia y a la educación.